Een correcte uitvoering van de werkkostenregeling is van groot belang. Eén foutieve inschatting kan doorwerken naar de behandeling van vergoedingen en verstrekkingen bij meerdere werknemers, waardoor die ene fout kan leiden tot een grote naheffing. Voor een praktische behandeling van de werkkostenregeling kan ervoor worden gekozen om alle vergoedingen en verstrekkingen aan werknemers in te delen in categorieën.