Het Dublinsysteem is gebaseerd op interstatelijk vertrouwen: het vertrouwen van lidstaten over en weer dat asielzoekers in overeenstemming met het Vluchtelingenverdrag en andere regelgeving behandeld worden. Ten aanzien van sommige lidstaten geldt dat vertrouwen niet, of niet volledig.
Asielzoekers mogen bijvoorbeeld niet aan Hongarije worden overgedragen. Overdrachten aan Italië mogen volgens de ene rechtbank wel, volgens de andere niet. Aan Griekenland mogen volgens de staatssecretaris overdrachten plaatsvinden indien er garanties voor opvang zijn. En ten aanzien van Bulgarije geldt dat niet mag worden overgedragen, als dat gevolgen voor de gezondheidstoestand van de vreemdeling heeft.